La intolerancia a la fructosa es de carácter hereditario pero además influyen características no genéticas. Acontece cuando el organismo no dispone de la aldolasa B, sustancia indispensable para la descomposición de este azúcar.

Esta patología es semejante a la intolerancia a la lactosa, cuando ingresa el azúcar al cuerpo el intestino delgado no la puede absorber, por lo que llega intacta al intestino grueso.